読者です 読者をやめる 読者になる 読者になる

全く履歴が被らない (別リポジトリとかの) ブランチ同士を無理矢理マージ

仰る通り、「マージ」とタイトルに書きましたが、履歴上は全くマージになってないです。
単にブランチのファイルを丸ごと上書きしただけです。
そもそもこんな状況になってしまう前にちゃんと運用しっかり決めましょう。

本題

以下の例だと master から release にマージしている。

git checkout release
rm -rf *
git archive master | tar -x -C .
git add -A
git commit -m 'v0.1'

ちなみに release というブランチ名は Gitlab Flow からパクったもの。

Git利用時のフローはどれを使うか - Qiita

参考リンク

Gitでsvn exportと同じことをするには"git archive"を使う。でも1点だけ注意。 · DQNEO起業日記