git add -A

を使えばワーキングツリーとインデックスの内容を一致させることができます。
つまりどういうことかというと、git rm --cached .; git add .とだいたい同じような意味だと思います。たぶん。
自分はこのためにgit-rmaddとか作ってて、git-updateとか作ってる人も見かけたので、けっこう需要ある操作なんじゃないかと思います。