読み書きするのにroot権限が必要なファイルを転送する場合は、rsyncd.confに
uid = root
gid = root
のように書く。
デフォルトでは
uid = nobody
gid = nogroup
のようになってるので、
転送先で所有者がrootだったファイルがnobodyになってたり、
所有グループがrootだったファイルがnogroupになってる場合は冒頭のように指定すればいいです。
もちろん一時的であればいいですが、rsyncサーバを恒久的に立てる場合は、uidやgidの権限を最小限のものにしましょう。